過去に開講した講義

数理生物学@理学部

2015夏:細胞システムの数理:非線形現象からロバスト性まで

  1. ガイダンス, 細胞システムの数理 Introduction(4月7日)
  2. 反応速度論・微分方程式・フィードバックループ(4月14日)
  3. 細胞反応と非線形応答(4月21日)
  4. 細胞現象のロバスト性 (4月28日)
  5. 細胞の運命決定とゆらぎ (5月11日)
  6. 細胞の記憶と多安定状態 (5月18日)
  7. 振動現象と過渡的応答など (5月26日)
  8. レポート課題:6月31日締め切り

2014年夏

  1. ガイダンス, 細胞システムの数理 Introduction(4/8日)
  2. 細胞内反応と反応速度論・微分方程式
  3. 反応の縮約とフィードバックループ
  4. 細胞の運命決定と非線形応答・超感度性
  5. 細胞の分子認識:分子の質に対する非線形応答
  6. 細胞のロバストな環境感知と完全適応
  7. 絶対濃度補償性と分子変動へのロバストネス
  8. レポート課題

数理情報学特別講義Ⅳ

2014年夏:細胞システムの数理

  1. ガイダンス:Introduction:確率的な細胞現象とその数理(4月8日)
  2. 点過程:確率的化学反応の時間発展の時系列的理解
  3. Master方程式:確率的反応の時間発展の分布的な理解
  4. Cumulant展開:遺伝子発現ネットワークとゆらぎの流れ
  5. 化学フォッカープランク方程式と化学ランジュバン方程式:導出
  6. 化学フォッカープランク方程式とランジュバン方程式:ノイズ励起現象と細胞の多安定性
  7. 非平衡現象と非線形確率反応:非平衡性と生体機能
  8. 確率的な生体内システムの情報理論的理解:選択的な細胞応答
  9. 情報復号と細胞の運命決定 :Filtering Theoryと確率的情報処理1
  10. 情報復号と細胞の運命決定 :Filtering Theoryと確率的情報処理2
  11. 確率的表現形選択と情報の価値
  12. レポート課題

2012年夏:細胞システムの数理

  1. Introduction:細胞システムの数理(2012/04/10)
  2. 決定論的な細胞内反応論1
  3. ※決定論的な細胞内反応論3:振動現象とロバスト性(今年度は無し)
  4. 点過程による確率的細胞内化学反応のモデリング
  5. 化学マスター方程式による確率的細胞内化学反応のモデリング
  6. キュムラント展開とその応用:反応カスケードにおけるゆらぎの生成との流れ
  7. Chemical Langevin 方程式によるChemical Master方程式の近似
  8. Chemical Fokker Plank 方程式とその応用:ノイズによる分岐・対称性の破れ
  9. Filtering Theoryとその応用:情報復号と細胞の運命決定
  10. レポート課題

数理情報学演習第二A

2011年夏:点過程とその推定の数理

  1. 演習資料・演習課題(11/06/25 18:00 一部修正)

全学自由ゼミナール

2011年冬:脳へのの数理工学的アプローチ〜神経細胞から神経ネットワークまで〜

  1. 第7回授業(2011/12/01)のレジュメ
  2. 第8回授業(2011/12/08)のレジュメ
  3. 第9回授業(2011/12/15)のレジュメ
  4. 第10回授業(2011/12/22)のレジュメ
  5. 第11回授業(2012/01/12)のレジュメ
  6. 授業で言い忘れましたが、後半、細胞のゆらぎや確率性に関して、駒場第二キャンパスで2月に会議を開催します(URL)。参加費はタダなので、もしこういう研究に興味があれば、最前線の研究をきくよい機会です。

2010年冬:生命現象への数理工学的アプローチ〜システムバイオロジーから神経科学まで〜

  1. 第一回授業(2010/10/26)のレジュメ
  2. 第二回授業(2010/11/02)のレジュメ
  3. 第三回授業(2010/11/09)のレジュメ
  4. 第四回授業(2010/11/16)のレジュメ
  5. 第五回授業(2010/11/30)のレジュメ
  6. 第六回授業(2011/01/11)のレジュメ
  7. 第七回授業(2011/01/23)のレジュメ
  8. レポート課題
  9. レポート課題2の問1の模範解答(レポート締め切り後に公開予定)

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