原著論文・査読付き論文

• *, T.Kobayashi, L. Chen, K. Aihara, "Design of Gnetic Switches wth Only Positive Feedback Loops", The proceedings of IEEE Computer Society Bioinformatics Conference,(CSBC2002), 2002, pp. 151--162. e i
• *, T.Kobayashi, L.Chen, K.Aihara,, "Modeling genetic switches with positive feedback loops", Journal of Theoretical Biology, April 2003, vol. 221, issue 3, pp. 379 - 399.
• *, T. Kobayashi, K. Aihara, "How Does Noise Propagate in Genetic Networks? A New Approach to Understand Stochasticity in Genetic Networks", Proceedings of Congress on Evolutionary Computation 2003, 2003, Vol. 2, pp. 1018-1025, ISBN: 0780378059.
• R.Tomioka, H.Kimura, T.J.Kobayashi, K. Aihara., "Multivariate Analysis of Noise in Genetic Regulatory Networks", Journal of Theoretical Biology, 2004, Vol.229, No.4, pp. 501-21.
• L. Chen, R. Wang, T. J. Kobayashi, Kazuyuki Aihara, "Dynamics o gene regulatory networks with cell division ycle", Phys. Rev. E, 2004, Vol. 70 (1 Pt 1), 011909.
• Y. Morishita, T. J. Kobayashi, K. Aihara"Evaluaion of the perfomane of mechanisms for noise attenuaion in a single-gene expression", Journal of Theoretical Biology, 2005, 235(2), pp. 241-64.
• Sato TK, Yamada RG, Ukai H, Baggs JE, Miraglia LJ, Kobayashi TJ, Welsh DK, Kay SA, Ueda HR, Hogenesch JB, "Feedbackrepression is required for mammalian circadian cock function.", Nat Genet. 2006, ,38(3), pp. 312-9
• *, Y. Morishita,K. T. J. Kobayashi, K.Aihara"Optimal Copy numbe of signaling molecules for signal amplification in linearsignaling cascade", Biophys, J. , 91, 2072?2081, 2006 . 第一著者と同等の寄与
• *, Hideki Ukai, Tetsuya J. Kobayashi, Mamoru Nagano, Koh-hei Masumoto, Mitsugu Sujino, Takao Kondo, Kazuhiro Yagita, Yasufumi Shigeyoshi and Hiroki R. Ueda, "Melanopsin-dependent phoopertubation revealsdeynchronization underlying the singulaity of mammalian ciradian clocks" Nature Genetics 投稿中. 第一著者と同等の寄与
• *, Hirokazu Tozaki, Tetsuya J. Kobayashi, Hiroyuki Okano, Ryo Yamamoto, Kazuyuki Aihara, Hidenori Kimura,"Reconstructing the single-ell-level behavior o a toggle switch frm populationlevel measuements", Molecular Systems Biology 投稿中. 第一著者と同等の寄与
• *, Hiroyuki Okano, Tetsuya J Kobayashi, Hirokazu Tozaki, and Hidenori Kimura, "Robusnes o noise attenuation by autorepession", Molecular Systems Biology 投稿中. 第一著者と同等の寄与

書籍

• *, 小林徹也・森下喜弘・冨岡亮太・合原一幸"細胞内ネットワークの確率的ゆらぎとその数理的解析", ＜一分子＞生物学, 岩波書店, pp.161-180, 2004/ 9/ 29, 合原一幸・岡田康志編

解説論文

• *,小林徹也, 市瀬夏洋, 合原一幸, "ゲノム・プロテオームダイナミクスの数理", 数理科学, 2001, No. 458, pp. 48-54.
• 市瀬夏洋, 小林徹也, 合原一幸, "遺伝子相互作用系の非線形数理解析", 蛋白質核酸酵素, Vol.46, No.16, pp. 2598-2602.
• 冨岡亮太, 小林徹也, 合原一幸, 木村英紀, "遺伝子発現の揺らぎの確率・ネットワーク解析ロバストな遺伝子ネットワークの設計原理を目指して", 数理科学, 2004, No. 489, pp31-37.
• *, 小林徹也、有田正規、森下喜弘、合原一幸, "細胞内現象のシステム的理解：今理論に何が求められているのか？"、システム／制御／情報、2006, 50(8)，290-296.
• *, 小林徹也、森下喜弘、冨岡亮太、合原一幸, "細胞内ゆらぎの数理"、 システム／制御／情報、2006, 50(8)，297-302
• *, 小林徹也, 粕川 雄也, 上田 泰己, 遺伝子発現ダイナミクスの統計則", 数理科学, 2007, No. 526, pp.70-77.

招待公演・講師(国際会議・国内会議など)

• 小林徹也, "人工遺伝子ネットワークの設計と数理解析", 日本バイオインフォマティクス学会システムバイオロジー研究会, 東京大学医科学研究所, 10月22日, 2003.
• 小林徹也, "遺伝子・タンパク質ネットワークにおける揺らぎの生成・伝播の理解", 基礎生物学研究所研究会「生命の時空間的な制御 －数理的アプローチを中心に－」,3月8日, 2004.
• 小林徹也, "細胞内反応ネットワークにおける揺らぎの数理解析", 日本バイオインフォマティクス学会第4回生物情報ネットワーク研究会, 東京大学医科学研究所, 12月16日, 2004.
• 小林徹也, 合原一幸, "Control and utilization of stochasticity in intracellular reaction networks", SICE制御部門大会, バイオと制御, pp. 679--682 5月25日, 2005.
• 小林徹也, "細胞内化学反応のゆらぎ", クリニカルゲノムインフォマティックス, 8月20日, 2005.
• 小林徹也,"Stochasticity in intracellular networks and its mathematical evaluation",『概日リズムの遺伝子タンパク質ダイナミクス』, 合原ERART 複雑数理モデルプロジェクト, 9月13日, 2005.
• 小林徹也,"細胞内ゆらぎ～その制御機構の理解に向けて～"北陸先端大学でハイブリッドセミナー,金沢大学, 10月7日, 2005.
• 小林徹也,"細胞内ゆらぎの数理",第9回 NAIST科学技術セミナー 「光のマニピュレーションと次世代デバイス」, 奈良先端科学技術大学院大学,11月25日, 2005.
• 小林徹也,"学生の立場から見たサイエンスコミュニケーション",研究を伝えること、研究に伝えること －生命科学のコミュニケーション―, 第２８回分子生物学会, P会場（九州大学西新プラザ）, 12月9日, 2005.
• 小林徹也,"細胞内化学反応のゆらぎ",クリニカルゲノムインフォマティックス, 3月11日, 2006.
• 小林徹也, "細胞ゆらぎの理論", 日本バイオインフォマティクス学会、システムバイオロジー研究会、3月30日, 2006.
• 小林徹也, "Gene Regulatory Dynamics", Asia/Pacific Summer School on Computational Biology、7月6-10日, 2006.
• 小林徹也, "Understanding intracellular systems in the single-cell level", Frontier Research System 20th Anniversary International Workshop on Recent Advances in Biological Control、7月29-30日, 2006.
• 小林徹也, "細胞内ゆらぎ", ナノバイオ・サマースクール、8月21-23日, 2006.
• T. J. Kobayashi, "Characterization of Intracellular Systems in the Single-Cell Level", Japanese-Korean Joint Meeting for Mathematical Biology, Kyushu-Univ. Japan, 16-18, Sept. 2006.
• 小林徹也, "細胞内ゆらぎ", 第21回 生体・生理工学シンポジウム、11月17-19日, 2006.
• 小林徹也, "哺乳類時計細胞集団の光応答ダイナミクス", 京大基研研究会「非線形振動子系の物理学」, 6月, 2007.
• 小林徹也, "イメージングによる定量的解析と数理解析の融合による概日リズムSingularity現象の動作機構の解明", 電子科学研究所 学術講演会, 平成19年8月3日
• 小林徹也, "細胞シミュレーション：1細胞の確率的振る舞い",クリニカルゲノムインフォマティックス, 8月, 2007, 予定.
• Tetsuya J. Kobayashi, Hideki Ukai, Hiroki R. Ueda, "POPULATION-LEVEL SINGULARITY BEHAVIOR OF MAMMALIAN CIRCADIAN CLOCK DRIVEN BY DESYNCHRONIZATION OF MULTI-CELLULAR CLOCKS", physcon2007, Sept, Potsdam, Germany, 2007, 予定.
• Tetsuya J. Kobayashi, Hideki Ukai, Hiroki R. Ueda, "Desynchronization of Noisy Multi-cellular Clocks Underlies the Population-level Singularity Behavior of Mammalian Circadian Clock, International Conference of Noise and Fluctuation, Sept, Tokyo, Japan, 2007, 予定.

国際学会発表（招待公演・講師を除く）

• T. Kobayashi, L. Chen, K. Aihara, "Stability and Bifurcation Analysis of Robust Circadian Oscillations", The Seven International Symposium on Artificial Life and Robotics, 大分, 日本. 1月16-18日, 2002.
• T.Kobayashi, L. Chen, and K. Aihara, "Desgn of Genetic Switches wh Only Positive Feedback Loops", IEEE Computer i it Society Bioinformatics Conference (CSB2002), Stanford Univ. USA, 14-16 Aug 2002.
• T.Kobayashi, L. Chen, and K. Aihara, "In silico screening o synhesized genetic oscillators and sensors", 2002, 3rd International Conference of Systems Biology(ICSB2002), Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden, 13-15 Dec 2002.
• T. Kobayashi and K. Aihara, "CompuerAided Analysis of Stochasticity in Genetic Neworks", New Horizons in Molecular Sciences and Systems, 名護市, 沖縄, 日本. 10月16-18日, 2003.
• T. Kobayashi and K. Aihara, "How Does Noise Propagate in Genetic Networks? A Nw Appoach to Understand Stochasticity in Genetic Networks", 2003 Congress on Evolutionary Computation(CEC 2003). Canberra, Australia, 12月8～12日, 2003.
• T. Kobayashi and K. Aihara, "Three Fundamental Mechanisms of the Attenuation of Fluctuations in Genetic Networks", 4th International Conference of Systems Biology (ICSB2003), Washington Univ. St. Louis. USA, 11月5-9, 2003.
• T. J.Kobayashi and K. Aihara, "Mathematical Analysis of Interrelationship between PlasmdCopyNumber Conrol Systemand Plasmid Instability", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, Okazaki Conference Center, Aichi, Japan, 2月8-10, 2005.
• T. J.Kobayashi, "Comparative Study of Binary and Graded Responses of Intracellular Network", Sixth International Conference of Systems Biology, Boston, Massachusetts, USA, 19-24 Oct. 2005.
• H. Ukai, T.J.Kobayashi, H.R.Ueda, ""Stopping Mammalian Circadian Clock by Critical Light Pulse: Death of individual oscillators or desynchronization of oscillators?", International Conference of Systems Biology, Yokohama, Japan, 2006. 第一著者と同等の寄与
• H. Tozaki, T.J.Kobayashi, H. Okano, R. Yamamoto, K.Aihara, H. Kimura ""Testing Biological Ergodcity o Toggle Switch: Reconstrution of Single-ell-level Behavor fom Population-Level Measurement", International Conference of Systems Biology, Yokohama, Japan, 2006. 第一著者と同等の寄与