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原著論文・査読付き論文

  1. Tetsuya J.Kobayashi, Atsushi Kamimura, "Theoretical aspect of cellular decision-making and information processing", the Springer series Advances in Systems Biology, vol.in press, pp.-, (2011).
  2. Yohei M. Koyama, Tetsuya J. Kobayashi, and Hiroki R. Ueda, "Perturbation analyses of intermolecular interactions", Physical Review E, vol.84, pp.026704-, (2011).
  3. Tetsuya J.Kobayashi, Atsushi Kamimura, "Dynamics of Intracellular Information Decoding", Physical Biology, vol.8, pp.-, (2011).
  4. Tetsuya J. Kobayashi, "Connection between noise-induced symmetry breaking and an information-decoding function for intracellular networks", Physical Review Letters, vol.106, pp.0228101-, (2011).
  5. Toshiyuki Harumoto, Masayoshi Ito,Yuko Shimada,Tetsuya J. Kobayashi, Hiroki R. Ueda, Bingwei Lu, and Tadashi Uemura, "Atypical Cadherins Dachsous and Fat Control Dynamics of Noncentrosomal Microtubules in Planar Cell Polarity", Developmental cell, vol.19, pp.389-401, (2010).
  6. Tetsuya J. Kobayashi, "Implementation of Dynamic Bayesian Decision Making by Intracellular Kinetics", Physical Review Letters, vol.104, pp.0228104-, (2010).
  7. Yohei M. Koyama, Tetsuya J. Kobayashi, Shuji Tomoda, and Hiroki R. Ueda, "Perturbational formulation of principal component analysis in molecular dynamics simulation", Physical Review E, vol.78, pp.046702-, (2008).
  8. Hiroyuki Okano, Tetsuya J Kobayashi, Hirokazu Tozaki, and Hidenori Kimura, "Estimation of the source-by-source effect of autorepression on genetic noise", Biophysical Journal, vol.95, pp.1063-1074, (2008).
  9. Hirokazu Tozaki, Tetsuya J. Kobayashi, Hiroyuki Okano, Ryo Yamamoto, Kazuyuki Aihara, Hidenori Kimura,, "Reconstructing the single-cell-level behavior of a toggle switch from population-level measurements", FEBS Letters, vol.582, pp.1067-1072, (2008).
  10. Hideki Ukai, Tetsuya J. Kobayashi, Mamoru Nagano, Koh-hei Masumoto, Mitsugu Sujino, Takao Kondo, Kazuhiro Yagita, Yasufumi Shigeyoshi and Hiroki R. Ueda, "Melanopsin-dependent photo-perturbation reveals desynchronization underlying the singularity of mammalian circadian clocks", Nature Cell Biology, vol.9, pp.1327-1334, (2007).
  11. Yoshihiro Morishita, Tetsuya J. Kobayashi, Kazuyuki Aihara, "An optimal number of molecules for signal amplification and discrimination in a chemical cascade", Biophysical Journal, vol.91, pp.2072-2081, (2006).
  12. Trey K. Sato, Rikuhiro G. Yamada, Hideki Ukai, Julie E. Baggs, Loren J. Miraglia, Tetsuya J. Kobayashi, David K. Welsh, Steve A. Kay, Hiroki R. Ueda, John B. Hogenesch, "Feedback repression is required for mammalian circadian clock function", Nature Genetics, vol.38, pp.312-319, (2006).
  13. Yoshihiro Morishita, Tetsuya J. Kobayashi, Kazuyuki Aihara, "Evaluation of the performance of mechanisms for noise attenuation in a single-gene expression", Journal of Theoretical Biology, vol.235, pp.241-264, (2005).
  14. Luonan Chen, Ruiqi Wang, Tetsuya J. Kobayashi, Kazuyuki Aihara, "Dynamics of gene regulatory networks with cell division cycle", Physical Review E, vol.70, pp.011909-, (2004).
  15. RyotaTomioka, Hideyuki Kimura, Tetsuya J. Kobayashi, Kazuyuki Aihara, "Multivariate Analysis of Noise in Genetic Regulatory Networks", Journal of Theoretical Biology, vol.229, pp.501-521, (2004).
  16. Tetsuya Kobayashi, Luonan Chen, Kazuyuki Aihara, "Modeling genetic switches with positive feedback loops", Journal of Theoretical Biology, vol.221, pp.379-399, (2003).
  17. Tetsuya Kobayashi, Luonan Chen, Kazuyuki Aihara, "Design of Genetic Switches with Only Positive Feedback Loops", The proceedings of IEEE Computer Society Bioinformatics Conference,(CSBC2002), vol., pp.151-162, (2002).

解説論文

  1. 鵜飼英樹, 山田陸裕、小林徹也, 上田 泰己, "生命システム解析のツールとしての機能ゲノミクス",実験医学, vol. 25, pp.1670-1675, (2007).
  2. 小林徹也, 粕川 雄也, 上田 泰己, "遺伝子発現ダイナミクスの統計則",数理科学, vol. 526, pp.70-77, (2007).
  3. 小林徹也、森下喜弘、冨岡亮太、合原一幸, "細胞内ゆらぎの数理",システム/制御/情報, vol. 50, pp.297-302, (2006).
  4. 小林徹也、有田正規、森下喜弘、合原一幸, "細胞内現象のシステム的理解:今理論に何が求められているのか?",システム/制御/情報, vol. 50, pp.290-296, (2006).
  5. 冨岡亮太,木村英紀,小林徹也,合原一幸, "遺伝子発現の揺らぎのモデル予測 : 構造的アプロ-チ",信学技報, vol. 104, pp.13-17, (2004).
  6. 冨岡亮太, 小林徹也, 合原一幸, 木村英紀, "遺伝子発現の揺らぎの確率・ネットワーク解析 ロバストな遺伝子ネットワークの設計原理を 目指して",数理科学, vol. 489, pp.31-37, (2004).
  7. 市瀬夏洋, 小林徹也, 合原一幸, "遺伝子相互作用系の非線形数理解析",蛋白質核酸酵素, vol. 46, pp.2598-2602, (2001).
  8. 小林徹也, 市瀬夏洋, 合原一幸, "ゲノム・プロテオームダイナミクスの数理",数理科学, vol. 458, pp.48-54, (2001).

書籍

  1. 小林徹也, "不確定環境下における細胞の運命決定理論", 「理論生物学」, 共立出版, 2011, 望月敦史編
  2. 小林徹也, "異分野融合の舞台としての定量的な生命科学", 「実践ゲノムの最前線」, 六然社, 2009, 井村裕夫編
  3. 小林徹也・森下喜弘・冨岡亮太・合原一幸"細胞内ネットワークの確率的ゆらぎとその数理的解析", 「<一分子>生物学」, 岩波書店, pp.161-180, 2004/ 9/ 29, 合原一幸・岡田康志編

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